市公建中心主要职能包括市域范围内过江桥梁（隧道）项目、新建国道干线公路、高速公路及综合交通枢纽项目、社会事业领域政府投资项目的建设组织工作等。市公建中心内设机构12个处室：综合处、计划处、合约处、工程技术处、桥隧工程一处、桥隧工程二处、建筑工程处、交通建设一处、交通建设二处、质量安全处、财务处、人事处。另按有关规定设立党的工作机构和纪检监察机构。